Microsoft hat vor ein paar Tagen einen Hotfix für den Configuration Manager 2012 R2 veröffentlicht. Damit schließt Microsoft einen Bug, bei dem Per-Computer-Tasksequenz-Variablen nicht übernommen werden.
Per-computer task sequence variables that are defined for imported computers are filtered out of client policies. This prevents the variables from being read during task sequence execution. This problem does not affect per-computer variables that are defined for existing clients. Important Per-computer task sequence variables have to be re-created if they were created after System Center 2012 R2 Configuration Manager was installed but before this update is applied.
Der Hotfix KB2907591 ist über diesen Link verfügbar und ist der zweite Hotfix, der für den ConfigMgr 2012 R2 erschienen ist.